百済寺（ひゃくさいじ・滋賀県東近江市百済寺町）は、推古天皇の御代に聖徳太子の御願により百済人のために創建された古刹。

平安時代に比叡山に天台宗が開創されると天台の寺院となり、その規模は拡大され、「湖東の小叡山」と称されたほど壮大な寺院となった。

明応七年（1498）自火により全焼し、文亀三年（1503）には戦乱による災厄に遭い、荘厳な古建築物の多くを焼失したが、再興し得る勢力を保っていた。
天正元年（1573）六角義治が織田信長に抗し鯰江城に入るや、百済寺衆徒は寺内にその妻子を預かり、兵糧を送り援護した為、これを知った信長の兵火により一山悉く焼亡した。
天正十二年（1584）堀秀政により仮本堂が建てられ、慶長七年（1602）146石5斗の地を寺領として免除され復興に向った（『現地案内板』）。

『信長公記』には、六角承禎父子の立て籠もる鯰江城を攻城の際に、信長が２，３日百済寺に滞在したが、滞在中に百済寺が鯰江城に支援をしていることを知り、焼き討ちにしたとある。

寺内には城郭を思わせる石垣や土塁・空堀（暗闇のため撮影不可）が残る。室町時代に兵火に遭って以降、次第に城郭化されたというのも頷ける。